Nació en Villeta del Guarnipitán, puerto sobre el Río Paraguay, en el país del mismo nombre, el 26 de octubre de 1909. Desde joven integró numerosos conjuntos de música popular, radicándose en Buenos Aires en 1927. Desde allí se convirtió en uno de los principales difusores de la música paraguaya en el Río de la Plata. Fue artista de la RCA Víctor, empresa con y para la cual realizó sus primeras grabaciones como cantante solista, registrando, en 1927, dos obras que luego devendrían en verdaderos clásicos en el gusto popular: "Floripami" y "Caminante triste".
En 1928 formó su primera orquesta, que se mantuvo sin cambios por diez años y actuó en las principales emisoras de Buenos Aires (Radio El Mundo, Radio Splendid y Radio Belgrano). Debido a su popularidad y a sus dotes de cantor, se lo presentaba como "el Gardel del Paraguay". Grabó más de mil doscientos discos y obtuvo once discos de oro.
Las canciones más famosas de Samuel Aguayo
- Anahí (Letra con Acordes)
- Asunción
- Burrerita
- Mi dicha lejana
- Noches del Paraguay
- Pájaro chogüí (Letra con Acordes)
